一名杀害了五人的男子声称，他所有的受害者都是他在电视上看到的同一个战犯。穆德（Mulder）和史考莉（Scully）展开调查，发现该地区的电视信号存在异常情况。在史考莉成为下一个受害者之前，穆德必须揭开真相。

Mulder returns to Skinner and Scully while the deadly pursuit is still at hand. Led by an old photograph of his father and a group of scientists, he and Scully discover more than they could imagine in an old West Virginia warehouse. The truth, of course, may kill everyone.

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火山研究队伍发出求救信号，研究中心利用遥控机器人“走火人”，发现火山口里有人员死亡，旁边还有其他阴影在移动。鉴于火山研究经费数额巨大，为避免意外情况外传影响经费，项目主持人之一皮尔斯请求以非正式渠道让X档案小组帮忙。史卡利重新归队投入工作，穆德心疼她，希望她别太辛苦，但史卡利坚持参与。 他们三人乘坐直升机抵达现场，穆德和史卡利发现研究设施遭到严重破坏。穆德在检查时，遭到成员路威格攻击，路威格称他以为穆德是项目主持人崔科斯，崔科斯正在疯狂追杀众人，目前还有路威格、田中、洁西欧尼尔三名成员存活。不过穆德觉得这三人的行为举止十分怪异。 在野外，崔科斯杀害了皮尔斯，并禁止任何人离开。穆德从崔科斯的笔记中发现，崔科斯找到了以硅为基础的生物，史卡利对此表示怀疑。 不久后，田中病情加重，穆德和路威格用担架送他去医院，途中，田中突然发作，一种不知名的生物从他喉咙里钻了出来。穆德……

乔治·柯恩斯检举鸡工厂卫生状况不佳，随后失踪。史卡利与穆德前往调查。工厂运转正常，主管杰西·豪称只有柯恩斯反映过问题。就在他们准备离开时，一名员工宝拉突然发疯挟持了杰西，最终被随行警长开枪击毙。宝拉此前已患病一段时间，柯恩斯也有相同症状，而宝拉的祖父伽可先生正是这家工厂的老板。 穆德和史卡利拜访了伽可先生，并请求解剖尸体，伽可先生答应了。伽可先生一手打造了这个小镇，让此地成为鸡肉的主要供应地。 史卡利发现宝拉患有一种极为罕见的退行性疾病，名为克雅氏病。穆德则发现宝拉虽已47岁，但外貌仍如少女，未曾衰老。 克雅氏病不会传染，但镇上又出现了新病例，一名司机驾车冲进了河里。由于河水长期受污染，已变成红色。 穆德认为这里是个藏尸的好地方，坚持进行挖掘。没想到，挖掘时竟在河中发现了大量尸体，其中就有乔治·柯恩斯。这些尸体都没有头颅，骨头异常光滑，好似……

穆德（Mulder）和史考莉（Scully）调查了美国空军军官罗伯特·布达哈斯（Col. Robert Budahas）上校的精神崩溃和失踪事件，布达哈斯曾是一位备受尊敬的试飞员。穆德的调查显示，埃伦斯空军基地（Ellens Air Force base）存在一系列精神崩溃事件的模式，但史考莉认为有许多合理的医学原因可以解释所发生的事情。不久后，穆德与当地的不明飞行物爱好者取得了联系。

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Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。

有一个基因变种人，他内心有着难以抑制的吃人脑的欲望，可他却一心想做个好人。

VICE meets up with Joe Nickell, a longtime paranormal investigator who’s been called the real-life Scully. We travel with him to Roswell, NM on the anniversary of the 1947 UFO Crash to talk to believers, skeptics and UFO witnesses alike to see if the truth is really out there.